Skema e projektimit dhe zgjidhja e zinxhirit peptid polipeptid

I. Përmbledhje
Peptidet janë makromolekula të veçanta të tilla që sekuencat e tyre janë të pazakonta në karakteristikat e tyre kimike dhe fizike.Disa peptide janë të vështira për t'u sintetizuar, ndërsa të tjerët janë relativisht të lehta për t'u sintetizuar, por të vështira për t'u pastruar.Problemi praktik është se shumica e peptideve janë paksa të tretshëm në tretësirat ujore, kështu që në pastrimin tonë, pjesa përkatëse e peptidit hidrofobik duhet të shpërndahet në tretës jo ujorë, prandaj, këta tretës ose buferë ka të ngjarë të jenë shumë në kundërshtim me përdorimin. të procedurave eksperimentale biologjike, në mënyrë që teknikëve t'u ndalohet rreptësisht përdorimi i peptidit për qëllimet e tyre, kështu që në vijim janë disa aspekte të dizajnit të peptideve për studiuesit.

Skema e projektimit dhe zgjidhja e zinxhirit peptid polipeptid
Së dyti, zgjedhja e duhur e peptideve të vështira sintetike
1. Gjatësia totale e sekuencave të rregulluara poshtë
Peptidet me më pak se 15 mbetje janë më të lehta për t'u marrë sepse madhësia e peptidit rritet dhe pastërtia e produktit të papërpunuar zvogëlohet.Ndërsa gjatësia totale e zinxhirit peptid rritet përtej 20 mbetjeve, sasia e saktë e produktit është një shqetësim kyç.Në shumë eksperimente, është e lehtë për të marrë efekte të papritura duke ulur numrin e mbetjeve nën 20.
2. Zvogëloni numrin e mbetjeve hidrofobike
Peptidet me një mbizotërim të madh të mbetjeve hidrofobike, veçanërisht në rajonin 7-12 mbetje nga C-terminus, zakonisht shkaktojnë vështirësi sintetike.Ky shihet si një kombinim joadekuat pikërisht sepse në sintezë fitohet një fletë e palosshme B."Në raste të tilla, mund të jetë e dobishme të konvertoni më shumë se dy mbetje pozitive dhe negative, ose të vendosni Gly ose Pro në peptid për të zhbllokuar përbërjen peptide."
3. Ulja e rregullimit të mbetjeve “të vështira”.
"Ka një numër mbetjesh Cys, Met, Arg dhe Try që në përgjithësi nuk sintetizohen lehtësisht."Ser do të përdoret zakonisht si një alternativë jooksiduese ndaj Cys.
Skema e projektimit dhe zgjidhja e zinxhirit peptid polipeptid

Së treti, përmirësoni zgjedhjen e duhur të të tretshëm në ujë
1. Rregulloni skajin N ose C
Në lidhje me peptidet acidike (d.m.th., të ngarkuar negativisht në pH 7), rekomandohet veçanërisht acetilimi (acetilimi N-terminus, fundi C duke mbajtur gjithmonë një grup të lirë karboksil) për të rritur ngarkesën negative.Megjithatë, për peptidet bazë (d.m.th., të ngarkuar pozitivisht në pH 7), aminimi (amino grup i lirë në fundin N dhe aminimi në fundin C) rekomandohet veçanërisht për të rritur ngarkesën pozitive.

2. Shkurtoni ose zgjasni shumë sekuencën

Disa nga sekuencat përmbajnë një numër të madh të aminoacideve hidrofobike, si Trp, Phe, Val, Ile, Leu, Met, Tyr dhe Ala, etj. Kur këto mbetje hidrofobike kalojnë 50%, ato zakonisht nuk janë të lehta për t'u tretur.Mund të jetë e dobishme të zgjatet sekuenca për të rritur më tej polet pozitive dhe negative të peptidit.Opsioni i dytë është të zvogëlohet madhësia e zinxhirit peptid për të rritur polet pozitive dhe negative duke ulur poshtë mbetjet hidrofobike.Sa më të forta të jenë anët pozitive dhe negative të zinxhirit peptid, aq më shumë ka gjasa që ai të reagojë me ujin.
3. Vendoseni në një mbetje të tretshme në ujë
Për disa zinxhirë peptidikë, kombinimi i disa aminoacideve pozitive dhe negative mund të përmirësojë tretshmërinë në ujë.Kompania jonë rekomandon që fundi N ose C-fundi i peptideve acidike të kombinohen me Glu-Glu.U dha fundi N ose C i peptidit bazë dhe më pas Lys-Lys.Nëse grupi i ngarkuar nuk mund të vendoset, Ser-Gly-Ser mund të vendoset gjithashtu në terminalin N ose C.Megjithatë, kjo qasje nuk funksionon kur anët e zinxhirit peptid nuk mund të ndryshohen.