Ka shumë lloje të peptideve transmembranore dhe klasifikimi i tyre bazohet në vetitë fizike dhe kimike, burimet, mekanizmat e gëlltitjes dhe aplikimet biomjekësore.Sipas vetive të tyre fizike dhe kimike, peptidet depërtuese në membranë mund të ndahen në tre lloje: kationike, amfifilike dhe hidrofobike.Peptidet depërtuese të membranës kationike dhe amfifilike përbëjnë 85%, ndërsa peptidet hidrofobike depërtuese të membranës përbëjnë vetëm 15%.
1. Peptid depërtues i membranës kationike
Peptidet transmembranore kationike përbëhen nga peptide të shkurtra të pasura me argininë, lizinë dhe histidinë, si TAT, Penetratin, Polyarginine, P22N, DPV3 dhe DPV6.Midis tyre, arginina përmban guanidinë, e cila mund të lidhet me grupet e acidit fosforik të ngarkuar negativisht në membranën qelizore dhe të ndërmjetësojë peptidet transmembranore në membranë nën kushtin e vlerës fiziologjike të PH.Studimet e oligargininës (nga 3 R në 12 R) treguan se aftësia e depërtimit të membranës arrihej vetëm kur sasia e argininës ishte deri në 8, dhe aftësia e depërtimit të membranës rritej gradualisht me rritjen e sasisë së argininës.Lizina, megjithëse kationike si arginina, nuk përmban guanidinë, kështu që kur ekziston vetëm, efikasiteti i saj i depërtimit në membranë nuk është shumë i lartë.Futaki etj.(2001) zbuloi se efekti i mirë i depërtimit të membranës mund të arrihet vetëm kur peptidi depërtues i membranës qelizore kationike përmban të paktën 8 aminoacide të ngarkuar pozitivisht.Megjithëse mbetjet e aminoacideve të ngarkuara pozitivisht janë thelbësore që peptidet depërtuese të depërtojnë në membranë, aminoacidet e tjera janë po aq të rëndësishme, si p.sh. kur W14 ndryshon në F, depërtueshmëria e Penetratinës humbet.
Një klasë e veçantë e peptideve transmembranore kationike janë sekuencat e lokalizimit bërthamor (NLS), e cila përbëhet nga peptide të shkurtra të pasura me argininë, lizinë dhe prolinë dhe mund të transportohen në bërthamë përmes kompleksit të poreve bërthamore.NLS-të mund të ndahen më tej në tipe të vetme dhe të dyfishta, të përbërë nga një dhe dy grupe të aminoacideve bazë, përkatësisht.Për shembull, PKKKRKV nga virusi simian 40 (SV40) është një NLS me një tipim të vetëm, ndërsa proteina bërthamore është një NLS me dy tipe.KRPAATKKAGQAKKKL është sekuenca e shkurtër që mund të luajë një rol në transmembranën e membranës.Për shkak se shumica e NLS-ve kanë numra ngarkese më të vogël se 8, NLS-të nuk janë peptide transmembranore efektive, por ato mund të jenë peptide transmembranore efektive kur lidhen në mënyrë kovalente me sekuencat peptide hidrofobike për të formuar peptide transmembranore amfifilike.
2. Peptid transmembranor amfifilik
Peptidet transmembranore amfifilike përbëhen nga domene hidrofile dhe hidrofobike, të cilat mund të ndahen në amfifilike parësore, amfifilike α-helike sekondare, amfifilike β-palosje dhe amfifilike të pasuruara me prolin.
Peptidet e membranës së veshjes amfifilike të tipit primar në dy kategori, kategori me NLS të lidhura në mënyrë kovalente me sekuencë peptide hidrofobike, si MPG (GLAFLGFLGAAGSTMGAWSQPKKKRKV) dhe Pep - 1 (KETWWETWWTEWTEWSQPKKKRKV), të dyja bazohen në shenjën nukleare të hidrofobisë PKKV0, të dyja. domeni i MPG lidhet me sekuencën e bashkimit të glikoproteinës 41 HIV (GALFLGFLGAAGSTMG A), dhe domeni hidrofobik i Pep-1 lidhet me grupin e pasur me triptofan me afinitet të lartë membranor (KETWWET WWTEW).Sidoqoftë, domenet hidrofobike të të dyjave janë të lidhura me sinjalin e lokalizimit bërthamor PKKKRKV përmes WSQP.Një klasë tjetër e peptideve transmembranore amfifilike parësore u izolua nga proteinat natyrore, të tilla si pVEC, ARF(1-22) dhe BPrPr(1-28).
Peptidet transmembranore amfifilike α-helike sekondare lidhen me membranën nëpërmjet α-helikave dhe mbetjet e tyre aminoacide hidrofile dhe hidrofobe ndodhen në sipërfaqe të ndryshme të strukturës spirale, si MAP (KLALKLALK ALKAALKLA).Për membranën amfifilike të veshjes së tipit të palosshëm beta, aftësia e saj për të formuar një fletë beta të palosur është thelbësore për aftësinë e saj depërtuese në membranë, si në VT5 (DPKGDPKGVTVTVTVTVTGKGDPKPD) në procesin e kërkimit të aftësisë depërtuese të membranës, duke përdorur tipin D - Analogët e mutacionit të aminoacideve nuk mund të formojnë copë të palosur beta, aftësia depërtuese e membranës është shumë e dobët.Në peptidet transmembranore amfifilike të pasuruara me prolinë, poliprolina II (PPII) formohet lehtësisht në ujë të pastër kur prolina është shumë e pasuruar në strukturën polipeptide.PPII është një spirale me dorën e majtë me 3.0 mbetje aminoacide për kthesë, në krahasim me strukturën standarde të alfa-spiralës djathtas me 3.6 mbetje aminoacide për kthesë.Peptidet transmembranore amfifilike të pasuruara me prolinë përfshinin peptidin antimikrobik të gjedhit 7(Bac7), polipeptidin sintetik (PPR)n(n mund të jetë 3, 4, 5 dhe 6), etj.
3. Peptid depërtues i membranës hidrofobike
Peptidet transmembranore hidrofobike përmbajnë vetëm mbetje aminoacide jo polare, me një ngarkesë neto më pak se 20% të ngarkesës totale të sekuencës së aminoacideve, ose përmbajnë pjesë hidrofobike ose grupe kimike që janë thelbësore për transmembranën.Megjithëse këto peptide transmembranore qelizore shpesh anashkalohen, ato ekzistojnë, si faktori i rritjes fibroblaste (K-FGF) dhe faktori i rritjes fibroblastike 12 (F-GF12) nga sarkoma e Kaposit.
Koha e postimit: Mar-19-2023